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Por lo anterior, en diferentes momentos del pasado colonial, la región de Nicoya (no siempre conocida con la denominación de “partido”) varió su condición y dependencia respecto a Nicaragua o Costa Rica. Por ejemplo, hasta 1558 fue gobernación anexa a la de Nicaragua; de esa última fecha y hasta 1593 fue independiente; de 1593 a 1602 se mantuvo unida a Costa Rica. Nuevamente de 1602 a 1786 fue independiente; de 1786 a 1809 estuvo unida a Nicaragua y de 1810 a 1821, al cambiarse la organización administrativa española, con la creación de las diputaciones provinciales, Nicoya pasó a formar parte de la Diputación Provincial de Nicaragua y Costa Rica. De manera que es incorrecto afirmar que Nicoya perteneció o estuvo sometida de manera permanente a la administración de Nicaragua en cualquiera de sus jerarquías o denominaciones organizativas, mientras estuvo vigente el modelo colonial español.

Otro aspecto necesario de aclarar es que lo que la actual provincia de Guanacaste es diferente al territorio que en el pasado colonial se conoció con esa misma denominación (Guanacaste). De manera que la Villa de Guanacaste, conformó tan solo, a la actual Liberia.  

Específicamente el territorio del Partido de Nicoya integró las tierras que se encontraban en la península al oeste del río Tempisque hasta el Océano Pacífico y al norte se extendía hasta el río la Flor y el Lago de Nicaragua. Por su parte, las tierras al este del río Tempisque y al sur del río Salto eran parte del territorio costarricense.

En 1835, como parte del proceso de organización territorial administrativa del país, se crearon tres departamentos:  El Departamentos Oriental, el Departamento Occidental y el Departamento de Guanacaste. Este último se integró con el Partido de Nicoya, y los valles de Bagaces y Las Cañas, que pertenecieron a Costa Rica durante la época colonial. Finalmente, en 1848, se crearon las Provincias de San José, Alajuela, Cartago, Heredia y Guanacaste, y las Comarcas de Puntarenas y Limón.