Los estudios demográficos sobre la Colonia también han sido desarrollados por proyectos de investigación gestionados desde el CIHAC. Estos han contribuido a reconocer los orígenes diversos y multiculturales de la población costarricense actual, comenzando desde la época precolombina hasta el presente. Los aportes han sido significativos ya que cuestionaron la imagen de la sociedad “blanca e igualitaria” de la Costa Rica del pasado; estudios en los cuales fueron muy importantes los aportes de María de los Ángeles Acuña y Doriam Chavarría, estas autoras comenzaron investigando el mestizaje en el siglo XVIII; aunque, en los últimos años, Acuña León ha ampliado su panorama a los siglos anteriores.

Otros temas tratados han sido los de Historia de las Mentalidades, la religiosidad, el género, la etnicidad, las poblaciones indígenas, la historia económica y monetaria, las redes sociales y de poder, la historia ambiental, los puertos centroamericanos y las milicias, especialmente desarrollados por Carmela Velázquez, Verónica Jerez, Manuel Chacón, Alejandra Boza, Eduardo Madrigal, Elizet Payne y Esteban Corella. Rina Cáceres aportó notablemente en el estudio social de las personas esclavizadas en los siglos coloniales. En la actualidad los estudios se perfilan hacia investigaciones sobre la cultura material del Periodo Colonial, la discusión sobre los temas, problemas y enfoques de la Historia Colonial y de las tres décadas posteriores a la independencia centroamericana, la participación en estudios interdisciplinarios sobre el desarrollo de metodologías para la conservación y restauración de bienes culturales y como uno de sus productos principales se está en la edición del libro faltante que completa la historia del periodo colonial dentro de los estudios realizados por el CIHAC: “Costa Rica en el siglo XVII: política, economía, sociedad y cultura”, una investigación elaborada por un equipo de personas investigadoras para brindar un panorama comprensivo de este periodo.

Los programas que han estudiado la Historia Colonial en el CIHAC, aunque han modificado sus nombres a lo largo de 40 años, han tenido fuertes nexos con el exterior, lo cual ha abierto más posibilidades de publicación, participación en congresos, simposios y talleres; pero, sobre todo, el nexo con historiadores de otros ámbitos ha permitido la ampliación de las problemáticas que se analizan, así como, del conocimiento y procesamiento de las fuentes, las teorías y las metodologías. Las relaciones con distintas instituciones nacionales como los museos y los Ministerios de Educación Pública y de Cultura y Juventud han llevado al desarrollo de simposios, conferencias y publicaciones conjuntas para fortalecer la difusión y divulgación del conocimiento histórico colonial. En este último aspecto, los Programas de Historia Colonial del CIHAC, han tenido y tienen, un fuerte compromiso con la educación formal y con diversos sectores de la población con los cuales se interactúa a través de actividades para la actualización del profesorado del sistema educativo costarricense y ponen a disposición de las diversas comunidades el conocimiento sobre sus orígenes y el sustrato histórico colonial que forma parte de su acervo y de la identidad cultural costarricense.